2. 水利署：研究江河治理、灌溉工程、水文测量、水患预防。核心任务是建立黄河、淮河等主要水系的动态模型，进行模拟实验，提出综合治理方案。

3. 工学署：范围最广，涵盖军械改良（在严格控制下）、纺织机械、采矿冶金、土木建筑、交通运输工具改进等。强调标准化、可量产化。

4. 医药署：并非传统中医堂，而是侧重于公共卫生（如饮水消毒、垃圾处理）、流行病防治、伤科急救、药材规范化种植与炮制，并开始有意识地搜集、验证民间及域外的医药知识。

5. 格致基础署：这是韦小葆埋下的伏笔。名义上研究“格物致知之理”，实际负责数学、物理、化学等基础学科的研究、知识整理与传授，为其他各署提供理论支持，也是未来培养高级技术人才的摇篮。暂时规模最小，但权限独立。

特色设置：

项目管理制：每个分署内的具体任务，均以“项目”形式运作。设立项目负责人，明确目标、预算、时间表和所需资源。项目成员可能来自不同分署，形成矩阵结构。项目完成后进行评估，成果显着者重奖。

技术标准委员会：由各领域资深工匠和学者组成，负责制定和审核技术成果的标准、规范，确保推广质量。

成果转化与推广处：专门负责将成熟的技术成果，通过出版通俗手册、派遣技术人员指导、与地方官府合作示范等方式，推向民间。这是实现“利国利民”的关键一环。

档案情报中心：系统收集、整理、归档国内外一切有用的技术资料、文献、实物样本，建立检索系统，实现知识共享。

独立核算与激励体系：韦小葆利用自己捐赠的启动资金和后续可能争取到的拨款，设立了独立的账户。推行“基本俸禄+项目绩效+成果奖励”的薪酬制度，打破大锅饭，激励创新。对于有重大贡献的工匠或学者，甚至可以破格授予荣誉官职或巨额奖金。