特蕾莎的到来打破了迷宫的平衡——迷宫开始发生前所未有的变化，局面逐渐走向失控。

在托马斯的带领下，部分人决定不再被动等待，而是主动寻找出口。

他与米诺深入迷宫探索，最终通过追踪鬼火兽的路径发现了一条通向迷宫外的通道。

与此同时，盖里等人坚决反对离开，他们认为留在林间空地才是安全的，两派之间的冲突不断激化。

决战时刻很快到来！

在逃离过程中，盖里试图阻止托马斯等人离开，他向托马斯掷出一把刀。

年幼的查克挡在了托马斯身前，被刀刺中身亡。

托马斯强忍悲痛，带领幸存者穿过迷宫通道，最终成功逃离了这座囚禁他们多年的巨型迷宫。

然而，逃出迷宫并非终点。

幸存者们进入了一座废弃的实验室，在实验室的监控屏幕上，出现了一个名叫艾娃·佩奇的女人。

她通过录像告诉他们：地球曾遭受太阳耀斑灾难，之后一种名为“闪焰症”的病毒爆发，使感染者变成疯狂的丧尸。

托马斯和所有林间空地的孩子天生对病毒免疫，他们是被送入迷宫进行脑部活动观察的实验对象，目的是研究出解药。

迷宫本身就是一种测试。

佩奇博士说：“你们已经证明了自己，现在我们要接你们回来。”

幸存者们正困惑时，实验室的大门突然被打开，一群穿着防护武装的人持枪冲入，要求他们全部趴下。

托马斯意识到，他们并没有真正获救，只是从一个牢笼进入了另一个更大的牢笼。

电影的最后一幕：这群武装人员把托马斯等人押上直升机。

直升机飞越荒芜的焦土大地，到处都是被闪焰症摧毁的城市废墟。