一些心怀鬼胎的将领试图销毁证据、转移财物，但曹琦早有防备。

他不断收到皇城司传来的密报，对那些试图阻挠清查的人了如指掌。

没过几日，便有一批吃空饷的人员被揪出。

曹琦毫不手软，将为首的几名军官革职查办，并追讨缺额，补不上的直接拉到军营中斩首立威。

这一举措，在军中引起轩然大波，震慑住了不少心存侥幸之人。

然而，此举也引来了勋贵们的强烈不满。

他们纷纷在朝堂上发难，指责曹琦行事过于激进，破坏了军队的稳定。

面对这些指责，曹琦并未放在心上。

毕竟自己刨了人家的 “祖坟”，人家骂两句出出气，也不能太过计较。

韩琦虽曾反对曹琦贸然行动，但看到曹琦如此坚决，且已取得初步成效，也开始在一旁暗中支持。

曹彬则拉着英国公站台，以防有人狗急跳墙。

在这场风波中，太后依旧忧心忡忡。

她担心曹琦的行动会引发更大的动荡，危及儿子的皇位。

于是，她私下召见曹琦，语重心长地说：“魏国公，你整军之事，哀家明白是为了大宋江山。但还望你行事更加谨慎，莫要引发大乱。”

曹琦恭敬地回答：“太后放心，臣定当把握分寸。只是军队积弊太深，若不狠下心来整治，大宋危矣。”

从太后宫中出来后，曹琦并未因太后的话而退缩。

他加快了清查进度，同时着手制定新的军队管理制度，从兵员招募、训练考核到军饷发放，都进行了详细规划，还清退了部分年老的士兵，以保持军队战力。

随着清查工作的深入推进，越来越多深层次的问题逐渐浮出水面。

一些隐藏在军中多年的利益集团，开始蠢蠢欲动，毕竟曹琦追讨缺额他们都不怎么抵触，毕竟勋贵也不太缺钱，从士兵身上榨不出钱，也能从百姓身上捞取利润，比如盐铁茶酒，都是赚钱的买卖。

但是曹琦居然将自己在军中的势力都赶出去了，这就让一些人忍不住了。

他们或是暗中串联，企图联合起来对抗曹琦的整军行动；或是四处散布谣言，诋毁曹琦的声誉，试图扰乱军心。

曹琦得知这些情况后，一面加强对军中舆论的管控，一面加大对这些利益集团的调查力度，时不时就有一两家勋贵被抄家。

一时间京都的勋贵人家，都有点风声鹤唳草木皆兵。

这是一场与旧势力的殊死较量，稍有不慎，不仅整军计划会功亏一篑，还可能引发更大的动荡，所以曹琦对这些人是绝不手软，严厉打击，出重拳。

在接下来的日子里，曹琦与旧势力的斗争愈发激烈。

但随着新制度的逐步推行，马军衙门的面貌开始焕然一新，兵员素质得到提升，军队纪律明显加强，战斗力也有了显着提高。

阻挡曹琦的那些人，看到木已成舟，也只好作罢。

终于历经千辛万苦，曹琦终于将马军衙门理顺，而且彻底掌握在手中了。